De regering verzocht Burgemeester Meinesz om burgemeester van Amsterdam te worden. Dit omdat de dan fingerende burgemeester Mr. G van Tienhoven tot kabinetsformateur was benoemd. Aan het einde van de kabinetsformatie nam ook hij als minister in het kabinet zitting
De Amsterdamse gemeenteraad was niet blij met de benoeming van de uiterlijk starre aristocraat, beslissend kortaf en in zijn optreden, scherp en sarcastisch. Zijn bijnaam was dan ook "vinnige Manus". Het was bekend dat de Rotterdamse raad hem een grote volgzaamheid had betoond. Dat was van de Amsterdamse Vroedschap niet te verwachten. De hoofdstad wilde zich door de burgemeester wel laten besturen maar niet laten regeren. Er was in de raad een krachtige (socialistische) groep, die haar standpunten met klem tegenover de nieuwe burgemeester zou plaatsen. De begroeting op 14 oktober verliep dan ook niet erg gemoedelijk. Burgemeester Meinesz, wetende hoe ongemakkelijk het college was, had zorgvuldig zijn houding bepaald. Hij was bereid alle rechten stipt te respecteren, maar ook geen duimbreed te wijken van het wettelijke fundament van zijn eigen positie. In de installatievergadering van 14 oktober 1891 zei hij dan ook: "Ik ben een regent, geen burgervader. Hetgeen hem ook tekent.
De raad startte zijn werkzaamheden met weinig geestdrift onder leiding van de nieuwe burgemeester. Men was de gemoedelijke burgemeester van Tienhoven gewend die, welbespraakt en met een gulle lag een sfeer van huiselijkheid schiep. De raadslieden werden altijd met een handdruk begroet en burgemeester van Tienhoven had voor elk een belangstellend woord had.
Maar deze voorzitter, vormelijk en deftig, karig met woorden, had bij een samenkomst hoogstens een stijve buiging voor de heren. En spoedig ondervond men dat deze burgemeester geen nemen en geven kende, niet wist van leven en laten leven, maar slechts oog had voor vormen en voor de wet. Hij stelde zelfs vast, dat raadsleden geen aanspraak mochten maken op persoonlijke informatie door ambtenaren. Dat de raad hierover ontstemd was, laat zich raden; alle reacties schampten af op de kalme waardigheid, waarmee de burgemeester Meinesz schijnbaar moeiteloos de teugels in handen hield. Steeds was hij gereed zijn standpunt tot het uiterste te verdedigen en kon hij het moeilijk verkroppen, wanneer hij in de minderheid bleef. Maar werd dit eenmaal een feit, dan gaf hij loyaal zijn verdere steun. "De heren moeten het weten," was zijn laatste woord, doch dat betekende ook, dat de heren op zijn volle medewerking konden rekenen. Wat dat betreft ging het net als in Rotterdam, alleen was de raad hier meer 'radicaal'.
Heel langzaam ging ook deze gemeenteraad de burgemeester waarderen. In de raad bleven felle botsingen, soms om ogenschijnlijk onbelangrijke daarom niet uit. Radicalen als Treub, Heineken, Gerritsen, maar ook een vooruitstrevend anti-revolutionair als Heemskerk stonden met hun meningen vaak scherp tegenover elkaar.
Politiek stond Meinesz, zoals ook al in Rotterdam, meestal scherp tegenover nieuwe denkbeelden van zijn tijd. Toch was hij steeds bereid, wanneer men hem van het praktisch nut van sociale hervormingsmaatregelen overtuigd had, aan de uitvoering krachtig mee te werken. Dit verklaart ook hoe hij met de zeer vooruitstrevende wethouder Treub, wiens inzichten hij stellig niet deelde, zo vruchtbaar heeft kunnen samenwerken. Beiden stond het belang van de stad, het algemeen nut als hoogste goed voor ogen. Niemand heeft Meinesz meer gewaardeerd dan wethouder Treub, die als geen ander wist hoe onkreukbaar, eerlijk en oprecht deze burgemeester was. Er ontstond een duo, zoals in Rotterdam dat ook was tussen Meinesz en G.J. de Jongh. Zij bereikten samen veel. Alleen in Amsterdam wordt het beleid primair door de politiek bedacht, terwijl in Rotterdam de invloed van de ambtenaren, in de vorm van Gemeente Werken veel sterker is. De een, G.J. de Jongh en Treub, bedenken en organiseren het, en de ander, burgemeester Meinesz bekijkt het kritisch en zorgt dat het door de raad komt en randvoorwaarden kloppen. Meinesz was geen initiator en organisator, maar kon snel in redeneringen de zwakke plekken bloot leggen. Anderen liet hij de plannen bedenken en voorbereiden en was een plan eenmaal tot rijpheid gekomen dan verstond hij de kunst er de fouten uit te lichten en het inzicht te geven in nut en doelmatigheid.
Het grootste werk voor Treub en burgemeester Vening Meinesz was wel de liquidatie geweest van de grote concessies en het overnemen van diverse bedrijven. In Rotterdam was hij hier altijd tegen geweest en heeft de raad hem daartoe gedwongen. Maar in Amsterdam wisten de wethouders hem blijkbaar te overtuigen. Het begon in met het beëindigen van de concessie in juni 1895 van het gas door Imperial Continental Gas Association. De raad wilde het eerst niet, maar zwichtte voor de argumenten van de B&W. Eind 1895 nam de gemeente de waterleiding over.
In 1895 starter de gemeente met de oprichting van een eigen telefoonbedrijf. Dit werd een harde strijd met het bestaande bedrijf, Bell Telephoon Maatschappij. Het kwam tot vernielingen van de gemeentelijke draden. In november 1896 nam de exploitatie van het telefoonbedrijf een aanvang. Na een korte strijd nam de gemeente op 1 januari 1900 het beheer over van A.O.M. over de tram en elektrificeerde deze. Dit was tevens het startsein tot de oprichting van de Elektrische Centrale.
Met burgemeester Vening Meinesz ging Amsterdam een nieuwe eeuw te in, hoewel de burgemeester zelf steeds meer gekweld werd door zijn jicht en ook steeds meer moeite kreeg met het lezen door de vermindering van zijn gezichtsvermogen. Maar ook toen hij 65 jaar werd, wilde hij nog geen afstand van zijn zetel doen. Men verwachte dat hij tijdens de koningsfeesten op 6 september 1898, de inhuldiging van H M koningin Wilhelmina, zijn eervol ontslag zou aanbieden. Maar daarvoor was hij te plichtsgetrouw.
Een ander, belangrijke bijdrage die hij leverde was de verbetering van het politieapparaat. Voor zijn komst had dat in Amsterdam nauwelijks gezag en respect. Avond aan avond liepen toen de Doofpot-revue die het Taptoe- schandaal hekelde. Met harde hand herstelde hij de tucht in het korps weer. Bij de inhuldiging deden zich geen incidenten meer voor en had iedereen veel waardering voor het optreden van de politie. Er werd in januari 1899 zelfs een hulde gebracht aan het korps namens de burgerij. Maar de strenge straffen die de burgemeester oplegde, waren voor veel raadsleden te streng. De raad wenste een stem te hebben in de regeling van de straffen bij de politie en de brandweer. In 1901 werd de motie Caroli, tot het ontwerpen van een verordening op de straffen politie en de brandweer, aangenomen. Burgemeester Vening.Meinesz beantwoorde de motie met de mededeling, dat hij bij hoger gezag vernietiging van het besluit zou aanvragen van het zijns inziens onwettige besluit. De minister ban binnenlandse zaken, Goeman Borgesius, was echter niet bereid de burgemeester in het gelijk te stellen. Hij achtte het besluit in het algemeen niet onwettig en wenste in elk geval de verordening eerst te zien en te bestuderen.
Dat was voor Burgemeester Vening.Meines onaanvaardbaar. Hij, als vertegenwoordiger van de regering, stond aan het hoofd van de politie en die volgens de wet en volgens zijn overtuiging aan de invloed van plaatselijke potentaten onttrokken moest blijven.
Het was bekend dat Burgemeester Vening.Meinesz altijd lette op de correcte uitvoering van besluiten genomen door de raad, ook als deze tegen zijn zin genomen waren. En veel voorstellen voor hervormingen van wethouder Treub waren niet met zijn instemming aangenomen. Maar de regeling van de straffen voor politie en brandweer was zijn recht. En daar had de raad geen zeggenschap over. Dat was een kwestie van beginsel.
Maar toen hij geen
gelijk kreeg van de minister, kondigde hij bij de volgende raadsvergadering zijn vertrek aan omdat hij met deze
opvatting van de regering de verantwoordelijkheid niet langer kon dragen.. De raad was hierdoor zeer geschokt.
Persoonlijk betuigde mr. Caroli zijn leedwezen en H.S. van Lemmep de spijt van de raad. Uit de reacties van de Amsterdamse bevolking bleek hij toch behoorlijk populair. Er zijn nog een aantal pogingen gedaan om hem te behouden, maar het mocht niet baten. Op 2 april 1901 ging hij heen en op deze laatste dag stroomde de raadszaal vol met ambtenaren die afscheid van hem kwamen nemen.